Kabupaten Jayapura bersama 8 (delapan) Kabupaten Otonom lainnya
(Kabupaten Biak Numfor, Manokwari, Sorong, Fak-Fak, Merauke, Jayawijaya,
Paniai dan Yapen Waropen) dibentuk berdasarkan Undang–Undang Nomor 12 Tahun 1969
tentang Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-Kabupaten
Otonom di Provinsi Irian Barat. Berdasarkan Undang-Undang tersebut,
Kabupaten Jayapura meliputi 6 (enam) wilayah Kepala Pemerintahan yaitu
Kepala Pemerintahan setempat Jayapura, Nimboran, Mamberamo, Keerom,
Sarmi dan Dafonsoro dengan pusat pemerintahan daerah berkedudukan di
Jayapura.
Pada tahun 1993 berdasarkan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1993, wilayah
Kabupaten Jayapura dimekarkan menjadi 2 (dua) Kabupaten/Kotamadya yaitu
Kabupaten Jayapura (Kabupaten Induk) dan Kotamadya Jayapura, sehingga
Ibukota Kabupaten Jayapura dipindahkan ke Sentani berdasarkan Peraturan
Pemerintah Nomor 15 Tahun 2000 tentang Pemindahan Ibukota Kabupaten
Jayapura dari Wilayah Kotamadya Jayapura ke Wilayah Sentani, tepatnya
tanggal 10 Maret 2010 merupakan tonggak awal sejarah kota Sentani
ditetapkan sebagai ibukota Kabupaten Jayapura, sehingga pada tanggal 10
Maret tersebut dijadikan sebagai Hari jadi Kota Sentani sebagai ibukota
Kabupaten Jayapura. Sampai dengan pertengahan bulan Juni 2001 ibukota
Kabupaten Jayapura mulai bergerak dari bibir pantai Teluk Yos Sudarso di
wilayah Kotamadya Jayapura menuju wilayah Sentani yang tepatnya di atas
Gunung Paniau di bawah kaki Gunung Cycloops dijadikan pusat perkantoran
Pemerintah Kabupaten Jayapura. Bertepatan dengan pelantikan Bupati
Jayapura Habel Melkias Suwae, S.Sos, M.M dan Wakil Bupati Ir. Tunggul
TH Simbolon, MA periode 2001-2006 pada tanggal 12 Oktober 2001, Kawasan
perkantoran Pemerintah Kabupaten Jayapura diresmikan penggunaannya oleh
Gubernur Provinsi Papua Drs. Yaap Salossa, M.Si.
Selanjutnya pada tahun 2002, berdasarkan Undang-Undang Nomor 26 Tahun
2002 tentang Pembentukan Kabupaten di Provinsi Papua, wilayah Kabupaten
Jayapura dimekarkan lagi menjadi 3 (tiga) Kabupaten yaitu Kabupaten
Jayapura (Kabupaten Induk), Kabupaten Sarmi dan Kabupaten Keerom.
Kabupaten Jayapura setelah pemekaran wilayah pada tahun 2002 memiliki 11
(sebelas) Distrik. Tahun 2003 dilakukan pemekaran Distrik berdasarkan
Peraturan Daerah Kabupaten Jayapura Nomor 12 Tahun 2003 tentang
Pembentukan Distrik Ebungfauw, Distrik Waibu, Distrik Namblong, Distrik
Yapsi dan Distrik Airu, sehingga jumlah Distrik di wilayah Kabupaten
Jayapura menjadi 16 Distrik dan pada tahun 2005 kembali dilakukan
pemekaran distrik berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2006
tentang Pembentukan Distrik Raveni Rara, Distrik Gresi Selatan dan
Distrik Yokari. Sehingga secara administratif, wilayah Kabupaten
Jayapura bertambah dari 16 Distrik menjadi 19 Distrik.
Tahun 2007 dilakukan pemekaran kampung, sehingga jumlah kampung yang
sebelumnya berjumlah 127 Kampung menjadi 137 Kampung melalui Peraturan
Daerah Kabupaten Jayapura Nomor 2 Tahun 2007 tentang Pembentukan Kampung
Benggwin Progo, Kampung Aib, Kampung Hyansip, Kampung Sumbe, Kampung
Hanggaiy Hamong, Kampung Nandalzi, Kampung Bundru, Kampung Doromena,
Kampung Bambar dan Kampung Yahim. Pada tahun 2009, kembali dilakukan
pemekaran kampung berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Jayapura Nomor
13 Tahun 2009 tentang Pembentukan Kampung Kamikaro dan Kampung Naira.
Sehingga Kabupaten Jayapura saat ini terdiri dari 19 (sembilan belas)
Distrik, 5 (lima) Kelurahan dan 139 (seratus tiga puluh sembilan)
Kampung.
sumber : http://www.papua.go.id